Impacts écologiques
Le niveau décroissant de l'eau et sa détérioration ont entraîné des changements climatiques, une altération de la faune et la flore, une dégradation des sols. Nous observons donc aujourd'hui des impacts importants sur les populations locales.
1/ Les changements climatiques et environnementaux.
On estime aujourd'hui que près de 40 000 km² de la Mer d'Aral a disparu. La disparition de cette énorme quantité d'eau entraîne un changement climatique vers un climat continental. Par le passé, la Mer d'Aral était considérée comme un régulateur des vents froids venant de Sibérie. Désormais les étés sont secs et courts et les hivers sont plus froids. L'amplitude thermique s'est accru : de -25°C en hiver et +35°C en été, on est passé à -50°C en hiver et +50°C en été. Les vents forts de la région atteignent des vitesses de près de 90km/h et provoquent des tempêtes de sable plus de 90 jours par an. Ils déplacent ainsi le sable et le sel laissés par les eaux qui se sont retirées. Non seulement, les terres qui apparaissent sont inutilisables car trop chargées en sel mais les croûtes de sel laissées par la mer sont transportées par les vents et contaminent les terres agricoles utilisées par l'homme ; les retombées sont ressenties jusqu'en Lituanie et même en Afghanistan.

Les pluies aussi sont en perpétuel changement. Par exemple, la teneur en sel est passée de 1 tonne par km² en 1956 à 45 tonnes par km² entre 1962 et 1967 et ne cesse d'augmenter aujourd'hui. Par ailleurs les pluies acides se sont intensifiées de par la présence de pesticides dans l'air dus aux rejets de poussières par les usines traitant le coton.
2/ Les effets sur la faune et la flore
La Mer d'Aral a toujours été caractérisée par une faible diversité d'espèces animales. Avant que la teneur en sel augmente de façon significative, la Mer d'Aral était peuplée par des animaux d'eau douce et d'eau saumâtre qui ont disparu aujourd'hui. Le manque d'eau et la pollution de l'air dégradent aussi de plus en plus la végétation.
On ne comptait, avant les années 30, qu'une vingtaine d'espèces de poissons. Puis l'homme y a introduit une certaine quantité de poissons et d'invertébrés (crabes, crevettes...). Elles se sont plus ou moins bien adaptées, certaines éradiquant les anciennes espèces. Ainsi la Mer d'Aral a compté jusqu'à une trentaine d'espèces différentes. Mais l'augmentation de la salinité a presque tué tous les animaux d'eau douce et quelques autres d'eau saumâtre. Seulement une espèce tolérante au sel a survécu. En 1998, on ne comptait plus que cinq espèces de poissons dans la grande Aral. Mais l'accroissement des populations de poissons est très limité puisque leur nourriture disparaît peu à peu. En effet, si la salinité continue d'augmenter une seule espèce de crevette pourra survivre. On a de plus observé une diminution de plus de 90% des espèces de zoplancton en seulement 30 ans : encore une des conséquences du manque d'eau et de sa détérioration. Dans un proche avenir, artemia sera le seul animal en Mer d'Aral. Artemia est une crevette des eaux salées présentant un intérêt commercial. En effet ses oeufs sont largement employés dans les élevages de crevette et de poissons. Quelques associations ont été réalisées récemment entre Ouzbékistan et Kazakhstan concernant la récolte des oeufs d'artemia en Mer d'Aral.

Grâce à sa grande limpidité et à ses faibles profondeurs, la Mer d'Aral était un réservoir original de biodiversité par rapport aux écosystèmes des autres mers. Au début des années 80, la plupart des espèces d'algues planctoniques des eaux saumâtres avait disparu de la Mer d'Aral puis, la salinité de la mer ayant considérablement augmenté, ce fut au tour d'espèces d'algues marines. Aujourd'hui 160 espèces d'algues et 170 espèces de plancton ont été recensées, soit deux fois moins que par le passé. La flore régionale est impressionnante et est constituée de 1200 espèces de plantes à fleurs. La flore des côtes de la Mer d'Aral possède plus de 400 types de végétaux. En revanche, les milieux asséchés de l'Aral ne possèdent pas autant de biodiversité : on trouve 30 espèces fourragères et 31 espèces de mauvaises herbes... La sécheresse a causé la perte d'un certain nombre d'espèces et a entraîné une diminution de la période de végétation.
3/ L'impact sur la santé de l'Homme
En plus de la salinité présente sur plus des 3/4 des sols irrigués, les pratiques agricoles, dépendantes des pesticides et appliquées durant plusieurs années de culture ont entraîné de hautes teneurs en pesticides et fertilisants dans les eaux, l'air, les sols et les chaînes alimentaires. Un très grand nombre de problèmes de santé ont été relevés chez la population de la zone de la Mer d'Aral : des maladies rénales, la tuberculose, des anémies, la typhoïde, des problèmes respiratoires aigus, des cancers, des maladies diarrhéales sont les principaux problèmes de santé endurés par la population de la région.
Par exemple au Kazakhstan, qui est la deuxième plus grande région de l'ancienne URSS, avec seulement 18 millions d'habitants, la situation est particulièrement alarmante. Les statistiques montrent que dans cette zone l'espérance de vie décline alors que les différences entre hommes et femmes s'accentuent. D'après les statistiques officielles de 1993, l'espérance de vie pour les hommes était de 63,2ans, de 72,7 ans pour les femmes. La fréquence et la répartition de la tuberculose, des tumeurs malignes, des maladies psychiatriques et de l'alcoolisme ont été signalés comme étant en augmentation.
Le nombre de grossesses est constant dans la région mais elles se terminent en fausses couches ou bien le bébé est mort-né ou handicapé. Le taux de mortalité infantile est évalué à plus de 110 pour 1000, soit un des plus élevé du monde. Et la grande majorité des femmes souffre d'affections génitales.